В рамках соглашения № 075-15-2021-565 от 27.05.2021 г. по созданию и развитию селекционно-семеноводческих центров ФНЦ агроэкологии РАН продолжает оснащать свои лаборатории новейшим оборудованием. В лабораторию геномных и постгеномных технологий был поставленсервердля проведения анализа NGS-данных и их статистической обработки с использованием различных программ на языке R и Python.
Серверв первую очередь предназначен для постобработки сырого сигнала (бейсколинга), полученного в ходе секвенирования на платформе 3-го поколения Oxford Nanopore, приобретенного в 2023 году в рамках соглашения № 075-15-2021-565 от 27.05.2021 г. по созданию и развитию селекционно-семеноводческих центров. Для бейсколинга используется самый современный на сегодняшний день инструмент – Dorado. Это достигается за счет наличия специализированной видеокарты NVIDIA RTX 4000 Ada Generation с объемом памяти GDDR6 20 ГБ. Далее производится сборка и аннотирование, полученных геномов и транскриптомов на сервере для дальнейшего статистического анализа, за счет наличия оперативной памяти объемом 1 ТБ. Полученные данные в дальнейшем используются для оценки дифференциально экспрессируемых генов, определения наличия SNP-полиморфизмов, выявления альтернативного сплайсинга мРНК и многого другого.
Наличие специализированного сервера для биоинформатики существенно расширит спектр возможностей селекционно-семеноводческого центра древесных и кустарниковых пород ФНЦ агроэкологии РАН и ускорит проведение научных исследований по получению сортов и пород растений с заданными хозяйственно-ценными признаками.