Фонд содействия инновациям вошёл в реестр экспертных организаций, уполномоченных осуществлять оценку отчета о выполненных НИОКТР в целях соответствия перечню приоритетных научных исследований, а также осуществлять в рамках указанной оценки подготовку экспертных заключений. Порядок формирования реестра и требований к организациям установлен Министерством науки и высшего образования РФ.
Ранее Правительством был разработан дополнительный механизм получения налоговых преференций за расходы при проведении научных исследований и опытно-конструкторских работ. Речь идёт о расходах при проведении исследований и разработок, которые исключаются из базы расчёта налога на прибыль. Они отнесены к прочим расходам с увеличивающим коэффициентом 1,5 (а с 2025 года – с коэффициентом 2). Таким образом, в результате применения указанной льготы снижаются сами налоговые платежи компании.
Задача Фонда и других организаций, включённых в реестр, заключается в проверке НИОКТР на предмет соответствия перечню научных исследований и опытно-конструкторских разработок, установленному Правительством РФ.