За три дня томичи разработали способ выявления бактерий и вирусов в клетках рака языка.
Хакатон по биоинформатике проходил со 2 по 6 декабря в г. Санкт-Петербурге, его соорганизаторами выступили Университет ИТМО, Факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ, Томский НИМЦ, Институт высшей нервной деятельности и нейрофизиологии.
Пять команд за три дня должны были предложить способы решения пяти различных задач (каждая команда работала над одним заданием). Отбор участников проходил на конкурсной основе, из 93 поступивших заявок отобрали 25. В одной команде – студенты, аспиранты, действующие врачи из Москвы, Петербурга, Казани, Томска, Уфы и Новосибирска – представители разных направлений науки. Какие бактерии и вирусы могут вызывать рак языка? Какие гены ответственны за формирование кожи в эмбриогенезе? Какие опухолевые клетки самые агрессивные? Вот лишь часть вопросов, которые были поставлены перед участниками.
Второе место по итогам хакатона заняли представители Томского НИМЦ.
- Наша команда работала над сложной задачей: выявление бактерий и вирусов в клетках рака языка на основе данных секвенирования единичных клеток. По итогам трехдневной работы, мы выявили нуклеотидные последовательности определенных типов бактерий и вирусов, характерных для опухолевых клеток. На втором этапе нам удалось понять расположение этих бактерий и вирусов в опухолевой ткани: наибольшее количество бактерий обнаружилось на инвазивном фронте опухоли. Эти данные дают основу для дальнейших исследований, для детального изучения измененной бактериальной флоры и ее роли в развитии рака языка, - рассказал Павел Ямщиков, биоинформатик лаборатории биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ.
- Мы уже почти 10 лет регулярно проводим большие медицинские конференции академической направленности, в основном, в сфере дерматологии, косметологии, трихологии. Общаясь с докладчиками, мы поняли, что сегодня у молодежи есть запрос на новые форматы. К примеру, хакатон - интересная, актуальная форма, и, что самое важное, с его помощью можно получить впечатляющие результаты, - рассказал Сергей Данишевский, председатель президиума Фонда «Развитие и интеграция искусства и здоровья», соорганизатор хакатона. Он отметил, что участники хакатона высоко оценили сложные задачи, которые были поставлены организаторами.
«Результаты работы команд - это крепкие научные статьи. Считаем, что это большое достижение, но мы не намерены останавливаться! Продолжим сотрудничество с нашими томскими коллегами, и в следующем году, скорее всего, увеличим количество команд», - подчеркнул Сергей Данишевский.