Юнер Шамильевич работает в сфере высшего профессионального образования с 1997 года. Он окончил Челябинский государственный технический университет (сейчас ЮУрГУ) по специальности «Информационные системы в экономике», что позволяет ему удачно применять междисциплинарные профессиональные знания и серьёзный опыт в научно-исследовательской и образовательной деятельности.
Область научных интересов Юнера Капкаева — проблемы государственности и формирования институциональной среды развития экономики и гражданского общества.
Общественное признание научных интересов позволило Юнеру Шамильевичу стать членом-корреспондентом Международной академии науки и практики организации производства, профессором Российской академии естествознания, членом Вольного экономического общества России.
Область исследований учёного-экономиста позволяет быть востребованным в экспертной деятельности, принимать участие в работе различных дискуссионных площадок, организовывать и модерировать их. Результаты такой деятельности находят отражение в законотворческих проектах, а также становятся основой многочисленных публикаций в средствах массовой информации.
В образовательной и воспитательной работе Юнер Шамильевич всегда старается привить студентам навыки использования нормативно-правовых документов, умение анализировать не только «букву», но и дух закона, способность воспринимать законотворческую деятельность в динамике.
«Мы умеем вызывать эмоцию в ходе обучения. У студента должно оставаться яркое впечатление от знания и должен оставаться терминологический якорь, он должен понимать, о чём идёт речь, что это интересно. И всё, дальше он достроит модель», — говорил в интервью для книги «Лица ЧелГУ» Юнер Капкаев.
Коллеги отмечают такие качества юбиляра, как внимательность, ответственность, целеустремлённость и новаторское мышление. Именно они позволят институту экономики отраслей, бизнеса и администрирования ЧелГУ оставаться ведущим центром Южного Урала по подготовке специалистов в области экономики, менеджмента и управления.
За достижения в области науки, образовательной и воспитательной деятельности Ю. Ш. Капкаев отмечался Почётными грамотами Министерства образования и науки РФ, Министерства образования и науки Челябинской области, Министерства финансов Челябинской области, Челябинского государственного университета и Южно-Уральского государственного университета, Городской Думы и Администрации города Шадринска Курганской области, Администрации города Орска Оренбургской области, Нязепетровского муниципального района, Катав-Ивановского городского поселения, Управлений образованием Копейского и Верхнеуфалейского городского округа, Администрации ЗАТО города Трёхгорный Челябинской области.
За заслуги в области образования Юнеру Шамильевичу присвоено звание «Почётный работник высшего профессионального образования Российской Федерации».
Интервью с Юнером Капкаевым опубликовано во втором томе книги «Лица ЧелГУ».