Родился в Сулимовке на Полтавщине 21 августа 1903 г. Точный день рождения не известен. В разных источниках, сам Калабалин приводил и 14 августа (автобиография 1942 г.) и 21 августа (в своей автобиографической книге «Бродячее детство»).
Его родители занимались сельским хозяйством — батрачили, так как своей земли, избы и, вообще, никакого имущества не имели. В связи с этим, семья часто переезжала из села в село на жительство, а в селе из избы в избу поселялись за отработок.
Себя Семён помнил из села Сторожевого Чутовского района Полтавской области.
Он вспоминает, что "Уже девятилетним мальчиком был определён в пастушки к кулаку Сивоволу за три рубля в лето и за первые штанишки в жизни из сурового полотна. На другое лето я был определён пастухом к кулаку Завгороднему в с. Васильевку, — уже за 8 руб., а на третье лето к кулаку Наливко Николаю. Зимою ходил в 4-летку, которую и закончил в 1915 году. В том же году меня свели к помещику Голтвянскому и продали за 40 р. в год; лето — пастухом, а зиму — коровником».
В августе 1916 г. Семён Калабалин из-за преследования хозяйки был вынужден уйти из дому. Скитаясь, попал под начальство лжеслепого проходимца и был вынужден обходить города и посёлки Украины, зарабатывая попрошайничеством за скудное питание. При удобном случае убежал от своего хозяина, возвратился в Полтаву.
В конце 1917 года Семён пристал к вооружённому отряду, налетевшему на город и ушедшему в лес в окрестности г. Полтавы. Оказалось, что во главе отряда красных партизан стоял его брат Иван. Позже отряд вошёл в состав 1-го Украинского Советского полка имени Шевченко. Брат был командиром батальона, Семён — разведчиком. В бою с гайдамаками под ст. Раздольная Семён был ранен в ногу, лежал в Николаеве, а затем в 1919 г. уехал в Полтаву. Выздоровев, снова нашёл своего брата Ивана.
Затем отряд влился в 501 полк, который действовал против деникинских войск. В бою под Белгородом Семён был ранен в руку. Лежал в Харькове, заболел тифом, был переведён в тифозный городок, а после выздоровления уехал к родным в с. Сторожевое, где застал отца, мать и младшую сестру. Братья Ефим, Иван, Андрей и Марк были в Красной Армии.
Позже то, что Семён уже переболел тифом и получил невосприимчивость к нему, сыграет большую роль в тяжелейшие дни Колонии им. Горького под руководством А. С. Макаренко, когда, по воспоминаниям Калабалина, «не заболели тифом только Антон Семёнович, Калина Иванович, лошадь и я», а надо было готовить дрова (холодное время года), отвозить заболевших в больницу и т. д. и т. п.
Пожив дома около месяца, Семён уехал в Полтаву и в марте или апреле 1920 года с отдельным 53 батальоном уехал на Польский фронт. Под Проскуровым был ранен в обе ноги, но не сильно. Лежал с неделю в какой-то деревне, а затем добрался до Полтавы и в армию больше не возвращался.
Здесь Семёна встретила тяжёлая весть — был убит из-за угла его брат Иван. В условиях гражданской войны едва ли не единственным способом воздать за это Семёну представляется сбор собственного отряда «благородных мстителей» и совершение правосудия над убийцами. И вот отряд уже создан, но быстро найти след преступников не удаётся, а участникам отряда необходимо питаться, кормить лошадей, для чего приходится отбирать еду и корм у селян. Заодно кое-кто из членов постоянно растущего отряда начинает прихватывать и другие вещи. Логика жизни преобладает над намерениями основателя отряда. Таким образом, отряд очень скоро стал обычной воровской шайкой, с которой через несколько месяцев и расправляются соответствующим образом. Знаменательно, что грамотно, без единого выстрела, задержавшим шайку конным отрядом милиции в декабре 1920 г. руководил один из старших братьев Семёна Ефим, который встретил Семёна ... чувствительным ударом кнута и отправил под суд на общих основаниях.
Семена приговорили к смертной казни, и в камере смертников он проводил день за днем, ожидая исполнения приговора. В тюрьме С. Калабалин просидел три месяца. Вот тогда его и спас Антон Семёнович Макаренко, который очередной раз заходит в тюрьму «за пополнением». Комиссия по делам несовершеннолетних предложила ему забрать Семёна, и Антон Макаренко согласился.
Семён оказался в колонии им. Горького, а затем в коммуне им. Дзержинского и стал одним из главных действующих лиц «Педагогической поэмы», представленный А. Макаренко как Семён Карабанов.
В отличие от ряда выпускников колонии и коммуны, поступавших на педагогические отделения вузов, Семён Калабалин пробует стать хлеборобом, обучается на Инженерно-мелиоративном факультете Харьковского сельхозинститута, однако агрономом он не стал, а возвратился в колонию им. Горького уже в качестве воспитателя.
В 1928 году С.А. Калабалин дал торжественную клятву А.С. Макаренко посвятить свою жизнь борьбе с детской беспризорностью и нищетой – жить для тех, из среды которых вышел сам, чтобы и они жизнью своею землю украшали. Проработав некоторое время в колонии, он по поручению А.С. Макаренко, стал заведовать общежитием на станции Комаровка под Харьковом. В этом общежитии жили подростки – выпускники детских домов и коммун. В Комаровке Семён Афанасьевич работал около года, затем его перевели на работу в Будянскую колонию им. В.Г. Короленко. Там был воспитателем, а потом заведовал учебно-воспитательной частью.
После открытия коммуны им. Ф.Э. Дзержинского С.А. Калабалин получил приглашение А.С. Макаренко поработать некоторое время в коммуне воспитателем. Подтверждение этому – воспоминания коммунара Л.В. Конисевича: «Спортивную жизнь в коммуне им. Ф.Э. Дзержинского возглавлял Семён Калабалин, воспитанник колонии им. М. Горького «Огненный танцор с фигурой Аполлона, безгранично смелый во всех делах, никогда не унывающий, пышущий здоровьем, сильный, с прекрасной строевой выправкой, он, как никто из руководителей коммуны, соответствовал этой роли. К нему тянулись, желая подражать и походить на него. Гимнастика, лёгкая атлетика, лыжи, бокс, борьба, плавание, морские «бои», походы – всё он умел и с успехом передавал нам, младшему поколению. Очень многие благодарны ему за это».
В октябре 1927 года Семён Афанасьевич женился на Галине Подгорной – также воспитаннице колонии им. Горького, которая на всю жизнь стала не только его спутницей, но и сотрудницей и сподвижницей на «педагогическом фронте».
В феврале 1931 года С.А. Калабалин, по совету А.С. Макаренко, переезжает в Ленинград и работает в Сосновой поляне в школе-колонии № 66 для трудновоспитуемых детей.
В первые же дни работы Семёна Афанасьевича жизнь в школе-колонии стала преобразовываться. Групповые воспитатели не знали, куда себя деть, так как их воспитанники покидали их, и следовали по пятам за Семёном Афанасьевичем, вокруг которого как-то особо закипела жизнь колонии. Всё было ново и интересно для воспитанников. Он ввёл отрядную систему, образовал совет командиров, развернул соревнование между отрядами, придумав какой-то очень наглядный и, главное, эмоционально захватывающий ежедневный учёт результатов соревнования.
Работа привлекала С.А. Калабалина – прирождённого воспитателя, умевшего уже в начале своей педагогической деятельности найти подход к самым трудным подросткам. Его тянуло к большому, настоящему делу.
До конца жизни А.С. Макаренко (1939 год) Калабалин поддерживал с ним самые тесные деловые и дружеские отношения, постоянно переписывался и при первой возможности лично посещал учителя, приглашал его, если позволяло здоровье Антона Семёновича, к себе в гости.
В мае 1939 года в связи с необходимостью постоянной деятельности в комиссии по изучению педагогического наследия А.С. Макаренко С.А. Калабалин переехал под Москву и принял детский дом № 3 Мосгороно на станции Барыбино.
На фронт С.А. Калабалин записался добровольцем, но не попал ни в действующую армию, ни в ополчение. Он был отобран военной разведкой для выполнения особых заданий.
15 июля 1941 года Семён Афанасьевич Калабалин прибыл в распоряжение «товарища Василия» и прошел десятидневные курсы специальной подготовки при учебном центре военной разведки. После завершения краткосрочного обучения он был назначен командиром отряда особого назначения и 11 августа 1941 года самолетом из Москвы был доставлен в штаб Южного фронта в село Бровары, которое расположено на левом берегу Днепра неподалеку от Киева. В ночь с 13-го на 14 августа отряд «товарища Семёна» в составе 13 десантников-разведчиков был заброшен в тыл противника для осуществления разведывательно-диверсионной деятельности на территории Винницкой и Житомирской областей Украины.
Калабалин, приземлившись, отправился на поиски своих, и только незадолго до рассвета ему удалось наткнуться на двух товарищей, один из которых был радист. Остальных они искали долго, но безрезультатно. Остановились, чтобы отдохнуть и поесть. Через несколько минут радист, которого поставили на страже, сообщил, что неподалёку видел вооружённых людей и предположил, что это партизаны. Встреча с партизанами не входила в их планы, поэтому Семён приказал товарищам укрыться, а сам вышел к незнакомцам. Их было человек 25 – 30, все вооружены.
Отрекомендовавшись командиром партизанского отряда, Семён Калабалин, в свою очередь поинтересовался, с какой целью пребывает в лесу эта группа вооружённых людей. «Мы партизаны, – услышал в ответ, – нас преследуют немцы». Они предложили пойти с ними в село, где якобы размещался их штаб. Как только колонна вместе с Калабалиным вошла в село, как «партизаны» (а на самом деле бандеровцы) накинулись на него, начали бить прикладами, ногами. Теряя сознание, Семён понял: плен!
Очнулся он уже в сельсовете. Отпираться было бессмысленно. На допросе «Семён» показал, что он действительно был заброшен в тыл с разведывательными целями, но ничего конкретного не сообщил – «я человек маленький».
Вскоре его передали немцам, которые положили Семёна Афанасьевича в Новгород-Волынский госпиталь для военнопленных, настолько жестоко он был избит бандеровцами. Бежать из госпиталя не удалось – его выдала одна из медсестер, заподозрившая приготовление к побегу. В этот же день Семён Афанасьевич был отправлен в Холмский концлагерь № 319 «А» под Шепетовкой. В ноябре 1941 года его перевели в «лагерь смерти» в местечке Понятово. В этом концлагере свирепствовали тиф и дизентерия, от которых умирали тысячи военнопленных. Выжить в нечеловеческих условиях Семёну Афанасьевичу помогли хорошая физическая подготовка и закалка организма, полученные еще в период пребывания в колонии имени Горького. В марте 1942 года последовал его обратный перевод в Холмский лагерь.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 17 октября 1943 года С.А. Калабалин за проявленные мужество и находчивость, за неоценимую помощь действующей армии был награжден орденом Отечественной войны II степени. Высокую награду ему вручил 28 декабря 1943 года лично начальник Главного Управления контрразведки «СМЕРШ» Наркомата обороны СССР генерал-полковник В.С. Абакумов.
Разведывательная эпопея Семёна Афанасьевича была частично рассекречена совсем недавно, попала на страницы различных книг, отражающих деятельность органов государственной безопасности в годы Великой Отечественной войны.
Дома у Калабалиных, в кабинете Семёна Афанасьевича, на стене, висела атласная подушечка, на которой были закреплены его боевые награды – орден Отечественной войны II степени, многочисленные медали и почетные знаки. Частые гости, приезжавшие в Клемёново, видели эти награды и непременно интересовались, за какой подвиг Семён Афанасьевич был награжден орденом. Всякий раз он старательно уходил от прямого ответа – говорить и писать об этом в ту пору было запрещено.
С 18 августа 1944 года по 20 августа 1946 года он директор детского дома № 2 для испанских детей Министерства просвещения РСФСР (г. Солнечногорск Московской обл.)
В октябре 1946 года С.А. Калабалин с семьёй переезжает в Грузию. Его назначают заместителем начальника колонии по учебно-воспитательной части в городе Кутаиси. За короткий срок Семён Афанасьевич сумел наладить в колонии воспитательную работу, сплотить ребят, воспитать коллектив. В постоянных педагогических поисках оттачивалось его мастерство, накапливался опыт работы воспитания детей в условиях колонии послевоенного времени.
В мае 1947 года приказом министра внутренних дел Грузии С.А. Калабалина переводят в г. Сталинир (ныне г. Цхинвал) заместителем начальника трудовой воспитательной колонии по учебно-воспитательной работе.
В августе 1950 года С.А. Калабалин переезжает на Украину и принимает заведование специальным детским домом на станции Мотовиловка Фастовского района Киевской области (время работы – с 23 августа 1950 года по 18 мая 1956 года). Снова поиск новых форм воспитания, борьба с человеческими пороками, за полноценное, трудовое детство.
Время благополучия и в этом детском доме было краткосрочным. И здесь нашлись недоброжелатели калабалинских средств и методов воспитания – в его действиях увидели диктат и насилие над воспитанниками. Упрёки, наговоры и угрозы сменились письмами-кляузами в Киевское облоно и обком партии. В детский дом зачастили комиссии с проверками. Дело доходило до парадоксов.
С.А. Калабалин принимает предложение о работе в Клемёновском детском доме (Егорьевский район Московской области), где он проработал с 20 декабря 1956 года до конца жизни, 24 июня 1972 года. Здесь же ему позже было присвоено почётное звание «Заслуженный учитель РСФСР» (1969 год.).
Знаменательно, что кавалер боевых наград Семён Афанасьевич Калабалин умер 24 июня, в день, когда вспоминают Парад Победы на Красной площади. Ему (1972 год) не было и 70 лет. По данным из документального фильма «Учитель с железным крестом» (с участием сына – А.С. Калабалина и других воспитанников С. А. Калабалина), в июне 1972 года С.А. Калабалин начал жаловаться на боли в животе, ему пытались сделать операцию аппендэктомии, но она прошла неудачно.
С.А. Калабалин похоронен на Егорьевском городском кладбище (г Егорьевск, Московской области) рядом с женой и единомышленницей Калабалиной Галиной Константиновной.
Педагогическую династию Калабалиных продолжил его сын Антон (1939 – 2013), как и отец, отличавшийся завидной физической подготовкой (мастер спорта по тяжёлой атлетике). На его счету успешное применение системы Макаренко, в частности, в Профессиональном училище № 72 г. Королёва. До 2013 года А.С. Калабалин ряд лет являлся директором Педагогического музея А.С. Макаренко в г. Москве.
В его семье было пятнадцать детей – родных и приемных, многие из которых по окончании педучилища и пединститута стали педагогами.
Одна из улиц города Егорьевска названа в его честь. В 1998 году администрация района учредила премию имени С.А. Калабалина, лауреатом которой становятся лучшие педагоги. Две тысячи сирот из России, Украины, Грузии считают его своим отцом.
В 2003 году Калабалину Семёну Афанасьевичу присвоено звание «Почётный гражданин Егорьевского района» (посмертно).