Сотрудничество в области образования и науки с африканским континентом является в настоящее время, особенно актуальным и приоритетным. История подготовки кадров опирается на опыт и традиции, заложенные во времена Советского союза, продолжительностью более 60 лет. Африканский континент особо остро нуждается в специалистах высшего звена во многих отраслях, и в том числе, в сельском хозяйстве. ФНЦ агроэкологии РАН принимает активное участие в развитии двусторонних Российско-африканских отношений. В ноябре 2023 года представители центра участвовали в Неделе российского образования и науки в г. Бамако, Мали. Встречи с министром науки и высшего образования Мали, ректорами государственных и частных университетов республики, позволило обозначить приоритетные совместные направления сотрудничества и заложить фундамент для реализации научно-исследовательских программ при участии ФНЦ агроэкологии РАН. В октябре 2024 года состоялась двухсторонняя встреча представителей центра с президентом частного университета Ахмед Баба республики Мали, Усманом Драмме. Достигнуто соглашение о подписании меморандума по следующим вопросам:
1- создание научно-исследовательского центра по окружающей среде, биоразнообразию и изменению климата., с привлечением ведущих ученых ФНЦ агроэкологии РАН;
2- реализация научных и образовательных программ для студентов старших курсов, персонала и технических специалистов. Мали;
3- Формирование совместной исследовательской группы для работы над улучшением почвы, управлением водными ресурсами и освоением пахотных земель.
Участие представителей центра в первой министерской конференции форум партнерства Россия-Африка 09-10 ноября 2024 года также направлено на формирование партнерских научно-исследовательских связей со странами Африки.
Чрезвычайный и Полномочный Посол Республики Гамбия в Российской Федерации, Министр высшего образования, исследований и инноваций Республики Сенегал, Государственный Министр национального образования Центральноафриканской Республики, Министр национального образования и гражданского воспитания Республики Чад, Государственный секретарь по высшему образованию, исследованиям и профессиональной подготовке Республики Чад, Заместитель Министра высшего образования и обучения Южно-Африканской Республики, Министр науки, технологий и инноваций Республики Уганда говорили о потребности своих стран в актуальных образовательных и научных проектах, подготовке аспирантов, внедрении передовых агротехнологий, направленных на борьбу с изменениями климата и другими негативными процессами, увеличении докторских научных степеней. Федеральный научный центр Агроэкологии РАН имеет современную научно-исследовательскую и лабораторную базу, отвечающую всем запросам африканских партнеров, готов поделиться многолетним опытом и технологиями, разработанными ведущими учеными и оказать необходимую помощь в подготовке квалифицированных специалистов для стран Африки.