25 октября 1991 года был создан один из важнейших органов исполнительной власти — Государственный таможенный комитет РФ. В соответствии с указом президента РФ от 4 августа 1995 года, 25 октября считается Днем таможенника Российской Федерации.
После распада СССР возникла необходимость регулировать экономическую основу суверенитета нового государства. В связи с этим было принято решение образовать Государственный таможенный комитет (далее — ГТК) РСФСР (с 25 декабря 1991 года — РФ). Одним из ключевых основателей таможенной системы, которая функционирует и по сей день, является Анатолий Сергеевич Круглов — первый руководитель ГТК, занимавший пост председателя с 1991 по 1998 год.
В начале 1990-х годов Россия нуждалась в модернизации государственных структур, включая таможенную службу. После вступления на должность перед А.С. Кругловым стояла задача выстроить систему, способную эффективно регулировать внешнеэкономическую деятельность и обеспечивать экономическую безопасность страны. Анатолию Сергеевичу и его команде удалось практически с нуля разработать и организовать работу новой таможенной службы, превратив её в один из ключевых инструментов защиты экономической безопасности.
За время работы в ГТК Круглов разработал правовую базу для новой таможенной службы. Под его руководством в 1993 году был принят Таможенный кодекс России, который упорядочил работу таможни и сделал её более нормативной. Этот кодекс стал основой для современного таможенного регулирования, ориентированного на рыночные отношения. Также Анатолий Сергеевич выступал за использование современных банковских продуктов при таможенном оформлении и одним из первых внедрил информационные технологии в работу таможенной службы.
Значимым шагом в развитии таможенной системы стало открытие в 1993 году Российской таможенной академии и её филиалов. Это повысило профессионализм работников таможни и улучшило управление системой.
Помимо нововведений в рабочих процессах Анатолий Сергеевич поддерживал создание общественных организаций. В частности, он активно участвовал в формировании Всероссийского союза ветеранов таможенной службы (В.С.В.Т.С.) и Фонда социальной поддержки сотрудников и ветеранов таможенной службы, что отмечал председатель В.С.В.Т.С. Бояров Виталий Константинович, который являлся председателем с 1996 по 2006 год.
В 1998 году А.С. Круглов покинул должность председателя ГТК РФ. В августе 2015 года Анатолий Сергеевич Круглов скончался на 64 году жизни.
После вступления на должность Михаила Валентиновича Ванина 27 мая 1999 года началась кардинальная реорганизация структуры ГТК России. В течение пяти лет работы под началом М.В. Ванина были объединены структурные подразделения в семь блоков: организационный, оперативный, экономический, правоохранительный, правовой, кадровый, тыловой. Таможенные органы достигли стабильности по формированию федерального бюджета, а главным событием стало принятие нового Таможенного кодекса РФ в 2003 году.
В 2004 году произошло изменение статуса службы. Указом президента от 9 марта 2004 года № 314 Государственный таможенный комитет Российской Федерации был преобразован в Федеральную таможенную службу и был подчинен Министерству экономического развития и торговли Российской Федерации. А с 6 июля 2004 новым руководителем ФТС стал Жерихов Александр Егорович.
12 мая 2006 на руководящей должности оказался Бельянинов Андрей Юрьевич. В 2010 году начался новый этап в развитии Таможенной службы: с 1 января заработал Таможенный союз России, Беларуси и Казахстана, просуществовавший до 2015 года. С 1 января 2015 года на смену Таможенного союза пришел Евразийский экономический союз (ЕАЭС). Появление данного союза привело к расширению границ — новыми участниками стали Армения и Киргизия.
15 января 2016 года указом Президента Российской Федерации Федеральная таможенная служба была передана в подчинение Министерству финансов Российской Федерации.
Нововведения в рамках улучшения работы Таможенной службы происходят и по сей день. Таможенный кодекс РФ нередко обновляется и дополняется, создаются новые электронные таможни и появляются различные льготы в рамках поддержки бизнеса. Все эти действия направлены не только для пополнения федерального бюджета, но и для обеспечения государственной безопасности, защиты интересов отечественных товаропроизводителей, а также содействию развития внешней торговли.