В Институте изучения старения РГНКЦ РНИМУ им. Н.И. Пирогова совместно с ИМБ РАН и НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина применили оригинальный подход к типированию клеток глиобластомы на основе метода single-cell секвенирования.
Традиционный метод определения типов клеток путем выявления известных маркеров имеет ограничения, связанные с несогласованностью информации об этих маркерах в базах данных и их низкую специфичность.
Для преодоления этих трудностей исследователи сравнивали кластеры клеток на основе комбинации дифференциально-экспрессирующихся генов и их сопоставления одновременно с несколькими базами данных клеточных маркеров.
В исследовании были проанализированы образцы глиобластомы и первичные клеточные линии, полученные из клеток этой опухоли. Было выявлено высокое разнообразие (гетерогенность) клеток опухоли, изучена динамика развития клеточных линий и определены редкие клеточные субпопуляции. Оказалось, что модели клеточных культур глиобластомы частично сохраняли гетерогенность, но могли иметь и свои специфические особенности. Полученные результаты могут быть использованы для разработки подходов к проведению трансляционных исследований, связанных с созданием клеточных моделей глиобластомы, поиском биомаркеров и мишеней для терапии.
Глиобластома является наиболее агрессивным типом опухолей человека с высокой степенью изменчивости (геномной, эпигеномной, метаболической). Средняя выживаемость пациентов после лечения составляет 15 месяцев, а 5-летняя выживаемость – менее 5%.
Исследование было представлено на конференции "Вычислительная биология и искусственный интеллект для персонализированной медицины 2024" и признано одним из 5 лучших докладов.
Результаты исследования были опубликованы в высокорейтинговом журнале.