Депутаты третьего созыва Госдумы Ямала приступили к работе 15 апреля 2000 года, в этот день прошло первое заседание нового созыва. Председателем был избран Алексей Артеев, но во главе парламента он пробыл всего несколько месяцев – 1 ноября 2000 года Алексей Артеев был назначен заместителем губернатора ЯНАО. Единогласным решением депутатов председателем Госдумы Ямала стал Сергей Харючи.
Работа третьего созыва во многом была связана с проводимой в стране реформой государственного и административного управления, которую инициировал избранный президент Владимир Путин. Особое внимание уделялось соответствию законов автономного округа федеральному законодательству.
Также была продолжена работа по разработке и принятию важнейших базовых законов автономного округа. На первый план выходит решение проблемы обеспечения ямальцев жильём. При участии депутатского корпуса были сделаны первые шаги в развитии системы жилищного ипотечного кредитования в автономном округе, был принят ряд окружных целевых программ, призванных улучшить жилищные условия коренных северян, молодых семей, жителей аварийных домов.
Важным новшеством в Госдуме ЯНАО стало образование депутатской группы в 2002 году, первой появилась фракция «Единая Россия» Всероссийской партии «ЕДИНСТВО И ОТЕЧЕСТВО – Единая Россия».
В октябре 2003 года начал работать официальный сайт окружной Госдумы – это стало ещё одной принципиальной новацией, которая позволила вывести открытость парламента и взаимодействие с ямальцами на новый уровень.
В марте 2005 года Госдума ЯНАО впервые по представлению главы государства наделила полномочиями губернатора ЯНАО.
Депутатами Госдумы ЯНАО третьего созыва было проведено 68 заседаний, принято 402 закона автономного округа и 1707 постановлений, в Госдуму РФ была направлена 31 законодательная инициатива. Заседания ямальского парламента порой длились по несколько дней, а повестка могла насчитывать свыше 100 вопросов.