Полковник милиции погиб в 2002 году при выполнении оперативно-боевых задач в Чеченской Республике.
Вертолет Ми-8, на борту которого находился Юрий Степаненко, 27 января 2002 года совершал перелет из Ханкалы в станицу Шелковскую и потерпел крушение в результате попадания ракеты.
Во время катастрофы пилоты проявили личное мужество и героизм, до последнего момента пытаясь посадить охваченную пламенем машину и спасти людей, но находившиеся на борту 11 пассажиров и 3 членов экипажа погибли.
16 февраля 2002 года указом Президента РФ Юрий Николаевич Степаненко был посмертно представлен к ордену Мужества.
11 марта 2005 года приказом МВД России погибший замначальника регионального главка был навечно зачислен в списки личного состава ГУ МВД России по Волгоградской области.