С августа 2009 года А.А. Иванишин готовился в составе дублирующего экипажа МКС-26/27 в качестве командира ТПК «Союз ТМА», бортинженера МКС-26 и командира МКС-27. В декабре 2010 года он приступил к подготовке в составе дублирующего экипажа МКС-27/28 в качестве бортинженера ТПК «Союз ТМА», бортинженера МКС. В апреле 2011 года космонавт начал подготовку в составе основного экипажа МКС-29/30 в качестве бортинженера ТПК «Союз ТМА-22» и бортинженера МКС.
Анатолий Иванишин выполнил свой первый полёт с 14 ноября 2011 года по 27 апреля 2012 года в составе 29/30-й длительной экспедиции на МКС в качестве бортинженера ТПК «Союз ТМА-22» и бортинженера МКС вместе с Антоном Николаевичем Шкаплеровым и Дэниелом Бёрбэнком. Продолжительность полёта составила 165 суток.
Второй полёт в космос Анатолий Иванишин совершил с 7 июля по 30 октября 2016 года в составе 48/49-й длительной экспедиции на МКС в качестве командира ТПК «Союз МС», бортинженера МКС-48 и командира МКС-49. Продолжительность полёта составила 115 суток.
9 апреля 2020 года Анатолий Алексеевич в третий раз стартовал с космодрома Байконур на ТПК "Союз МС-16" в качестве командира корабля. Вместе с ним на станцию отправились космонавт Роскосмоса Иван Вагнер и астронавт НАСА Кристофер Кэссиди. 22 октября 2020 года, через 196 суток полета, спускаемый аппарат транспортного пилотируемого корабля «Союз МС-16» совершил штатную посадку в расчетной точке на территории Казахстана.
15 октября 2021 года Анатолий Иванишина прекратил трудовое соглашение с ФГБУ «НИИ ЦПК имени Ю.А. Гагарина» в связи с тем, что планирует большую часть своего времени посвятить научной деятельности.
Руководство Центра, отряд космонавтов, сотрудники ЦПК поздравляют Анатолия Алексеевича Иванишина с днем рождения и желают ему счастья, здоровья, благополучия, новых профессиональных успехов!
Источник: Пресс-служба ЦПК, фото ЦПК, видео телестудии Роскосмоса