Генетики продолжают прояснять детали денисовской Санта-Барбары. Хотя число находок денисовских костей по-прежнему невелико, их генетический след протянулся с Алтая в Юго-Восточную Азию, на острова Океании, в Австралию и даже в Новый Свет; выяснилось, что в контакт с современными людьми вступали разные «денисовоподобные» популяции, отличавшиеся друг от друга и от эталонных алтайских денисовцев.
Считалось, что обладатели самой большой денисовской примеси — жители Папуа — Новой Гвинеи (в среднем 2,9%). Теперь пальму первенства перехватывают аэта Филиппин. Эти племена — их относят к негрито — живут на Лусоне и некоторых других островах Филиппин. Они невысокого роста, темнокожи, относятся к австрало-меланезийской расе и считаются потомками древнейших сапиенсов, заселивших Сунду около 50 тыс. лет назад (Сунда — это полуостров Малакка и острова, которые в последний ледниковый период были частью Азии), а затем мигрировавших на Филиппины. Разумеется, на эту первую волну мигрантов наложились более поздние потоки переселенцев с материка, сделавших свой вклад в генофонд аэта.
Авторы новой статьи, опубликованной в Current Biology, проанализировали геномы 1107 человек из 118 различных этнических групп Филиппин, включая 25 популяций негрито.
Исследование показало, что негритосы родственны папуасам, но в их генофонде имеется значительная примесь жителей Восточной Азии — по-видимому, относительно недавних мигрантов из Южного Китая (интрогрессия произошла примерно 2300 лет назад). Впрочем, у разных племён процент восточноазиатских генов различается, меньше всего — 10—30% — у аэта магбукон и амбала из Центрального Лусона.
Затем исследователи стали оценивать вклад в генофонд негрито архаичных гоминин. Оказалось, что неандертальская примесь у аборигенов Филиппин такая же, как у всех неафриканцев, а вот денисовская выше, чем у австралийцев и папуасов. Особенно велик процент денисовской
у аэта магбукон — в среднем на 24% больше, чем у папуасов (52 мегабазы по сравнению с 42).
И это несмотря на наличие у аэта примеси восточных азиатов, которая должна была разбавить архаическую
. Если же делать на это поправку, у «несмешанных» предков современных аэта денисовская доля должна быть на 46% выше, чем у папуасов.
Чтобы проверить полученный результат, исследователи секвенировали с высоким качеством (покрытие 37х) геномы пяти представителей магбукон. Их анализ подтвердил, что аэта обладают самой высокой денисовской примесью в мире. Кроме того, денисовские последовательности в ДНК магбукон лишь умеренно похожи на эталонный геном денисовца с Алтая (совпадение около 50%) — как и у жителей Папуа. Это означает, что негрито Лусона, как и папуасы, смешивались с какими-то местными популяциями гоминин, лишь отдаленно родственными денисовцам.
С чем связан высокий уровень архаичной примеси у аэта? Быть может, смешение происходило недавно? Однако в этом случае денисовские фрагменты в ДНК аэта были бы длиннее, чем у папуасов. В реальности это не так, судя по длине архаичных последовательностей, папуасы и негрито встречались с денисовцами примерно в одно и то же время. Значит, больший размер денисовской
у аэта говорит о том, что имело место несколько разных смешений. Моделирование, проведённое исследователями, подтвердило, что после разделения линий предков папуасов и негрито и те, и другие по отдельности смешивались с разными популяциями денисовцев где-то на просторах островов Юго-Восточной Азии и Океании.
Где же тогда на этих островах останки денисовцев? Исследователи сетуют на то, что до сих пор о том, как могли выглядеть эти древние люди, известно очень мало. Авторы публикации не могут не вспомнить недавно описанный вид Homo luzonensis — странных пигмеев с острова Лусон, известных по находкам в пещере Калао возрастом 67 тыс. лет. Не островные ли это денисовцы? Правда, характерная денисовская черта — огромные зубищи. У лузоненсисов же зубы крошечные, моляры меньше даже, чем у хоббитов с Флореса. Но что не сотворит эволюция на острове за сотни тысяч лет! Авторы даже допускают, что и флоресские хоббиты тоже могли быть денисовской роднёй, что кажется совсем уж фантастикой. Впрочем, для проверки таких гипотез требуется геном (маловероятно) или хотя бы протеом хоббитов Флореса и Лусона.
В связи с этим крайне интересно другое исследование, результаты которого опубликованы в Nature — анализ генома древнего человека с Сулавеси. Скелет, прозванный Бессе, найден в 2015 году при раскопках в местечке Леанг Паннинге на юге Сулавеси. Возраст погребения — 7200—7300 лет, его относят к тоали — культуре охотников-собирателей, потомков первых мигрантов, прибывших на Сулавеси более 40 тыс. лет назад. Судя по всему, скелет принадлежал девушке 17—18 лет. Очень здорово, что из костей удалось извлечь
, потому что древних геномов из этого региона известно очень немного — их всего два, Пха Фаен из Лаоса (около 8 тыс. лет) и Гуа Ча из Малайзии (4,3 тыс. лет). Тропический климат не способствует сохранности нуклеотидных цепочек.
Исследователи получили часть ядерной и почти всю митохондриальную
из височной кости Бессе. Подтвердили женский пол. Что касается родословной Бессе, девушка оказалась промежуточной между австралийцами, онге — коренными жителями Андаманских островов, и древними жителями Азии. Линия Бессе обособилась примерно в то же время, когда разделились предки папуасов и жителей Австралии. Среди современных людей прямых потомков женщины из Леанг Паннинге найти не удалось, нынешние островитяне ей не родня.
А ещё у неё обнаружилась высокая денисовская примесь, 2,2% — это чуть меньше, чем у папуасов (у них 2,9%), но гораздо выше, чем у современных сулавесцев и жителей Зондских островов, у голоценовых Пха Фаен и Гуа Ча и у гораздо более древнего китайца из пещеры Тяньюань (40 тыс. лет).
Всё это значит, что предки Бессе и других людей, заселявших острова Юго-Восточной Азии, двигались разными маршрутами, а смешение с денисовцами могло происходить близко к Сулавеси или даже прямо на острове — ведь тут явно жил кто-то архаичный, что подтверждается находками орудий возрастом более 100 тыс. лет на юго-западе острова.
Почему же доля денисовской
у Бессе меньше, чем у папуасов? По-видимому, в результате более позднего смешения с кем-то, у кого в роду денисовцев не было.
Терпеливо ждём геномов/протеомов из костей других древних людей Индонезии, Филиппин, Австралии…