24 января 2000 года мэр Москвы Юрий Лужков сменил сразу семерых префектов из десяти. 58-летний Алексей Ищук, возглавлявший администрацию Зеленограда в течение 12 лет, уступил кресло своему первому заместителю 45-летнему Анатолию Смирнову, который продолжает руководить городом по сей день.
Анатолий Смирнов родился 21 марта 1954 года в городе Буй Костромской области. В Зеленоград переехал в 17 лет. В 1977 году окончил МИЭТ и получил распределение в НИИ микроприборов. С 1978 года — заведующий отделом, а потом секретарь Зеленоградского райкома ВЛКСМ. В периоды с 1980 по 1982 и с 1985 по 1990 годы избирался депутатом Зеленоградского горсовета. В 1982 году назначен инструктором орготдела в Зеленоградский райком КПСС, а затем помощником первого секретаря райкома. С 1987 по 1990 годы — заместитель председателя исполкома Зеленоградского горсовета народных депутатов. В 1989 году окончил Высшую партийную школу.
В 1990 году Смирнов ушел в бизнес и в течение восьми лет возглавлял инновационный банк «Технополис». В 1998 году стал первым заместителем префекта Зеленограда по вопросам экономики, промышленности, финансов, внешних связей и СМИ.
25 января 2000 года в конференц-зале зеленоградской администрации первый вице-премьер правительства Москвы Олег Толкачев представил Анатолия Смирнова в статусе префекта. Как писала газета «Сорок один», Алексей Ищук, прощаясь с коллективом, сказал: «Все нормально. Мы готовились к этому шагу. Растили молодые кадры с тем, чтобы спокойно передать судьбу города в руки достойной смены. […] Было разное. Но главное, что я могу прямо смотреть в глаза всем здесь присутствующим». Газета «Коммерсантъ» связывала увольнение Ищука с тем, что он якобы противостоял коммерческим интересам АФК «Система» и среди всех округов Москвы «дал наихудшие проценты» для избирательного блока «Отечество — Вся Россия».
Уже через две недели, 8 февраля 2000 года, новый префект Анатолий Смирнов встречал в Зеленограде правительственную делегацию во главе с исполняющим обязанности президента России Владимиром Путиным. Глава государства посетил МИЭТ, где принял участие в открытии Зеленоградского инновационно-технологического центра, и побывал на заводе «Ангстрем».
17 февраля 2000 года в газете «Сорок один» вышло первое большое интервью Смирнова. «Не следует забывать, для чего 40 лет назад начал строиться наш город. Нельзя вот так взять все и похоронить. Облик нашего города, я считаю, исторически предопределен. Не спасет нас в экономике ни коммерция по принципу "купи-продай", ни строительство "ньювасюков", — говорил новый префект. — […] Надо вернуть на зеленоградские предприятия тех высококлассных специалистов, которые сейчас торгуют на Крюковском рынке или ищут счастья на стороне. Вот тогда наши предприятия начнут эффективно работать, люди станут жить лучше, а Зеленоград будет в большей степени независим от московского финансирования, чем сегодня. Именно эта сложная, но очень красивая задача стоит перед нами, и мы будем ее решать. […] Важно и то, чтобы люди перестали ездить в Москву, а нашли здесь место приложения сил и достойную зарплату. Чтобы в наших торговых предприятиях и организациях сферы обслуживания зеленоградцы получили любые товары и услуги на те деньги, которые заработали в своем городе».
Смирнов также рассказывал, что в конце 90-х годов правительство Москвы рассматривало возможность расширения границы Зеленограда в сторону деревень Рузино и Брехово, но в итоге посчитало эту идею нецелесообразной.
