Впервые Слободзея упоминается на «Генеральной карте боевых действий русской армии в 1769–70 гг.» Фридриха Бауэра. В этом году она празднует 250 лет со времени первого исторического упоминания, так как год основания поселения не установлен. Согласно сообщению в «Историко-хронологическом описании церквей епархии Херсонской и Таврической» (1848 г.), в более ранние времена это поселение было известно под названием Руфь.
Исследования историков показали, что в XVIII веке здесь жили представители разных народов, нашедшие свободу на ничейных землях Дикого поля. Название Слободзея связано с понятием «слобода» - то есть место, где люди не платят налоги и пользуются личной свободой (крепостное право на тот момент ещё не отменили).
С конца XVIII века существовало два села-близнеца: Слободзея-русская и Слободзея-молдавская.
В 1789 г. войсковой «кош» Черноморского казачьего войска был переведен из устья р. Березань в Слободзею. Здесь до августа 1792 года находилось войсковое правительство, хранилась печать и казна.
К 1863 году Слободзея была одним из самых больших селений Тираспольского уезда Херсонской губернии: 648 дворов, пять тысяч жителей (молдаване и великороссы), две православные церкви, школа, базар раз в две недели, лавки, волостная вспомогательная касса, основанная в 1848 году.
Объединение русской и молдавской Слободзей в поселок городского типа произошло в 1972 г.
12 июня 2002 г. решением Верховного Совета ПМР Слободзея стала городом.
День города русская и молдавская части празднуют в разные дни на храмовые праздники, которые не совпадают: 28 августа – Успение Пресвятой Богородицы и 21 ноября – день Архистратига Михаила.
В этом году городской праздник впервые отмечают 21 сентября. Его приурочили к открытию декоративной аркады в центре Слободзеи.